Trước khi mở hòm phiếu, tổ bầu cử phải thống kê và niêm phong toàn bộ phiếu chưa sử dụng cũng như phiếu cử tri viết hỏng, đồng thời lập biên bản việc sử dụng phiếu theo mẫu do Hội đồng Bầu cử quốc gia ban hành. Sau khi niêm phong, các loại phiếu này được gửi UBND cấp xã quản lý.
Tổ trưởng tổ bầu cử là người trực tiếp mở hòm phiếu chính và hòm phiếu phụ để bắt đầu kiểm phiếu. Trước đó hai cử tri biết chữ, có uy tín tại địa bàn và không phải là người ứng cử đại biểu Quốc hội hoặc đại biểu HĐND tại khu vực đó được mời chứng kiến việc mở hòm.
Người ứng cử, đại diện cơ quan hoặc tổ chức giới thiệu người ứng cử, hay người được ủy nhiệm, có quyền chứng kiến việc kiểm phiếu và khiếu nại nếu phát hiện sai phạm. Những người này phải xuất trình căn cước, giấy tờ tùy thân hợp pháp hoặc văn bản phân công, giới thiệu của cơ quan, tổ chức. Phóng viên cũng được chứng kiến khi xuất trình thẻ nhà báo và tuân thủ quy định về trật tự tại khu vực kiểm phiếu. Nếu phát hiện dấu hiệu vi phạm pháp luật, người chứng kiến có quyền khiếu nại hoặc tố cáo ngay tại chỗ với tổ bầu cử.
Theo hướng dẫn của Bộ Nội vụ, tổ bầu cử có trách nhiệm tạo điều kiện để người ứng cử, đại diện cơ quan hoặc phóng viên tham gia chứng kiến. Vị trí quan sát được bố trí thuận lợi nhưng không làm ảnh hưởng đến quá trình kiểm phiếu. Trường hợp phát sinh khiếu nại hoặc tố cáo, tổ bầu cử phải ghi rõ nội dung và cách giải quyết trong biên bản. Tổ trưởng có quyền yêu cầu người chứng kiến rời khỏi khu vực kiểm phiếu nếu vi phạm nội quy hoặc gây mất trật tự.
Phân loại phiếu bầu theo màu
Để bảo đảm việc kiểm phiếu chính xác, Bộ Nội vụ khuyến nghị tổ bầu cử chia thành ba nhóm kiểm phiếu tương ứng với ba loại bầu cử gồm đại biểu Quốc hội, đại biểu HĐND cấp tỉnh và đại biểu HĐND cấp xã. Mỗi nhóm thường có ba thành viên: người đọc phiếu, người ghi kết quả và người kiểm tra lại việc đọc, ghi. Sau khi hoàn tất, thư ký tổ bầu cử lập biên bản kết quả kiểm phiếu.
Tổ bầu cử phân loại phiếu theo màu tương ứng với từng cuộc bầu cử, đồng thời kiểm kê tổng số phiếu trong hòm để xác định số phiếu thu vào. Chỉ khi số phiếu thu vào bằng hoặc ít hơn tổng số cử tri đã tham gia thì tổ bầu cử mới được tiến hành kiểm phiếu. Nếu tổng số phiếu trong hòm nhiều hơn số cử tri tham gia, tổ bầu cử phải kiểm tra lại. Trường hợp kết quả vẫn không thay đổi, hòm phiếu phải được niêm phong và báo cáo ngay để ban bầu cử xem xét xử lý.
Trước khi kiểm phiếu, tổ bầu cử phân loại phiếu thành hai nhóm là hợp lệ và không hợp lệ, đồng thời ghi rõ trong biên bản. Phiếu hợp lệ là phiếu do tổ bầu cử phát ra, có đóng dấu; cử tri bầu đủ hoặc ít hơn số lượng đại biểu được ấn định và không ghi thêm tên ngoài danh sách ứng cử.
Nếu cử tri gạch chéo, gạch xiên, gạch dọc hoặc gạch ngang toàn bộ hàng chữ họ và tên của người ứng cử thì được tính là không bầu cho người đó. Trường hợp chỉ khoanh tròn, gạch dưới, gạch trên hoặc không gạch hết hàng chữ họ và tên thì vẫn được tính là bầu cho người ứng cử.
Đối với người ứng cử có nhiều cách gọi như tên khai sinh, tên thường gọi hoặc chức vị, pháp danh, pháp hiệu theo tôn giáo, nếu cử tri gạch một trong các tên đó thì được tính là không bầu cho người ứng cử.
Trong quá trình kiểm phiếu, các phiếu hợp lệ được phân loại theo số lượng người được bầu trên phiếu. Số phiếu dành cho từng ứng cử viên thường được ghi theo cách cứ 5 phiếu đánh dấu thành một nhóm để thuận tiện cho việc kiểm đếm.
Sau khi hoàn tất kiểm phiếu và lập biên bản, tổ bầu cử niêm phong các loại phiếu theo từng cuộc bầu cử gồm đại biểu Quốc hội và đại biểu HĐND các cấp. Phiếu được chia thành phiếu hợp lệ, phiếu không hợp lệ, phiếu chưa sử dụng và phiếu viết hỏng. Hòm niêm phong kết quả kiểm phiếu phải có chữ ký của tổ trưởng và thư ký tổ bầu cử, sau đó được bàn giao cho UBND cấp xã quản lý, lưu trữ.
Theo kế hoạch của Hội đồng Bầu cử quốc gia, kết quả bầu cử đại biểu Quốc hội và đại biểu HĐND các cấp dự kiến được công bố vào ngày 22/3.